烟草拮抗链霉菌FT05W基因组测序与几丁质酶家族基因鉴定

编号 zgly0001674910

文献类型 期刊论文

文献题名 烟草拮抗链霉菌FT05W基因组测序与几丁质酶家族基因鉴定

作者 覃可  桑维钧  陈孝玉龙  李昊熙  杨茂发 

作者单位 贵州大学农学院  贵州大学烟草学院  贵州大学昆虫研究所/贵州省山地农业病虫害重点实验室 

母体文献 中国生物防治学报 

年卷期 2019年03期

年份 2019 

分类号 S476 

关键词 烟草生防菌  链霉菌  基因组测序  几丁质酶家族基因 

文摘内容 链霉菌FT05W是一株对烟草黑胫病等土传真菌病害具有良好拮抗作用的生防放线菌。本研究利用Miseq PE300高通量测序平台对链霉菌FT05W基因组进行序列测定,共获得6914188个reads,通过SPAdes软件对序列进行拼接共得1836个contigs,其基因组全长为7699129 bp, GC比为71%,其中编码基因序列长度为6037181 bp,预测出7434个蛋白编码基因(GenBank登录号:NZ_QGMR00000000),预测编码7323个蛋白。获得的基因注释信息为今后深入开展其在烟草上的生物防治机理研究奠定了重要的基础,有助于推动烟草生防链霉菌功能基因的挖掘与利用,为烟草生防链霉菌FT05W的进一步开发与应用提供理论依据。利用MEGA 6.06构建链霉菌FT05W的几丁质酶家族基因系统发育树,共鉴定出7个几丁质酶家族基因,其中6个为18家族几丁质酶基因,1个为19家族基因。