环境样本中微型和微微型浮游植物高通量测序的引物优化

编号 zgly0001547948

文献类型 期刊论文

文献题名 环境样本中微型和微微型浮游植物高通量测序的引物优化

作者 刘卫东  宋伦  吴景 

作者单位 辽宁省海洋水产科学研究院  辽宁省海洋环境监测总站 

母体文献 生态学报 

年卷期 2017年12期

年份 2017 

分类号 Q943.2 

关键词 微型浮游植物  微微型浮游植物  高通量测序  18S rDNA可变区V4  可变区V9 

文摘内容 分别以18Sr DNA的V4区和V9区为目标基因,采用高通量测序平台和生物信息学方法,分析海水样品中微型和微微型浮游植物多样性。利用在线分析软件对V4(F/R)、V9(F/R)和C4(F/R)3对引物的敏感性、特异性进行了评估和比较,发现自行设计的引物V4(F/R)对真核藻类的扩增特异性高于V9(F/R)和C4(F/R)。高通量测序结果显示,检测样品平均获得68834条原始序列,高质量数据占99%以上,获得基因注释的序列数达94%以上。3对引物V4(F/R)、V9(F/R)、C4(F/R)鉴定的平均微型/微微型浮游植物OTUs数分别为78、42、58,引物V4(F/R)鉴定效率相对较高,同时对细小微胞藻(Micromonas pusilla)、(金牛微球藻Ostreococcus tauri)、密球藻(Pycnococcus provasolii)、抑食金球藻(Aureococcus anophagefferens)、赤潮异弯藻(Heterosigma akashiwo)等优势种检出频率高于引物V9(F/R)。相对已发表的2对引物,设计的引物V4(F/R)对海洋微型和微微型藻类多样性检测更为高效。