家蚕全基因组启动子预测及基于芯片表达谱的精巢偏向表达启动子顺式元件分析

编号 zgly0001468545

文献类型 期刊论文

文献题名 家蚕全基因组启动子预测及基于芯片表达谱的精巢偏向表达启动子顺式元件分析

作者 查幸福  殷志明  周春燕  李俊龙  张李颖  向仲怀  夏庆友 

作者单位 家蚕基因组生物学国家重点实验室  农业部蚕桑功能基因组与生物技术重点实验室  西南大学生物技术学院 

母体文献 蚕业科学 

年卷期 2014年02期

年份 2014 

分类号 S881.2 

关键词 家蚕基因组  启动子  结构特征  精巢偏向表达  顺式元件 

文摘内容 启动子是基因的重要组成部分,决定mRNA的转录,从而实现生物的有序发育过程。基于家蚕基因组和全长cDNA序列数据,鉴定了1 341条家蚕启动子序列。序列分析显示,在启动子-500~200 bp区间的GC、AT含量分别出现了1次和2次高峰值。TATA框(TATA-box)、起始子(Inr)、CAAT框(CAAT-box)和GC框(GC-box)等元件分别在256、453、200、334个启动子中被鉴定出,前3种元件集中分布于启动子-500~200 bp区间,第4种元件主要分布在-1 600~-300 bp上游较远处。进一步利用家蚕芯片表达谱数据发现23个启动子为精巢偏向表达基因的启动子。顺式元件分析这些精巢偏向表达启动子中含有6个高频率基序(motif),其中3个motif在精巢偏向表达启动子中的出现频率显著高于对照组,暗示这3个motif在精巢偏向表达基因的转录调控中可能起着重要作用。