南海陆坡沉积物细菌丰度预测

编号 zgly0001437812

文献类型 期刊论文

文献题名 南海陆坡沉积物细菌丰度预测

作者 李涛  王鹏 

作者单位 同济大学海洋地质国家重点实验室  广州海洋地质调查局 

母体文献 生态学报 

年卷期 2013年01期

年份 2013 

分类号 Q938 

关键词 细菌  物种丰度  南海  沉积物 

文摘内容 分别利用参数模型和无参数估计法预测南海陆坡沉积物柱MD05-2896中的细菌丰度。基于非培养的PCR-RFLP的16SrRNA基因分子技术,扩增了沉积物柱中的细菌16S rRNA基因序列,并构建16S rRNA基因文库。系统发育分析表明16S rRNA基因文库中,大多数序列属于17个已知的门。分别以99%、97%、90%和80%序列一致性作为分类单元分界点,将16SrRNA基因序列组群为分类单元。使用逆高斯分布模型、对数正态分布模型、负二项式分布模型、帕雷托分布模型、双指数分布模型以及ACE、ACE-1等估计方法预测不同分类单元分类水平下的细菌丰度。结果表明在种级分类水平上,负二项式分布为最优估计模型,估计细菌丰度为244±10(SE)。不过,受实验条件的限制,该估计值可能偏低。