一种基于转录组测序开发山茶属植物SSR引物的方法

申请号 CN201910416357.0

专利名称 一种基于转录组测序开发山茶属植物SSR引物的方法

专利类型 发明 

年份 2020 

公开号 CN111944917A

公开日 2020.11.17

主分类号 C12Q1/6895

分类号 C12Q1/6895  C12N15/11  C12Q1/6806 

申请日 2019.05.16

申请人 南京农业大学 

国家省市 江苏 

联系地址 210095 江苏省南京市卫岗1号南京农业大学

发明人 庄静  王爽 

代理人 李冉

代理机构 北京慕达星云知识产权代理事务所(特殊普通合伙) 11465

内容摘要 本发明提供一种基于转录组测序开发山茶属植物引物的方法：以茶树叶片为材料进行cDNA库的构建和illumina测序，经过滤和从头组装后获得转录组数据。使用MISA、SSR Hunter完成位点搜索，并对包含SSR位点的序列进行生物信息学分析。以此为据进行SSR分子标记引物的开发，利用开发的引物对部分山茶属植物材料进行遗传多样性分析。本发明成功设计38对引物，经多态性筛选最终获得16对多态性引物，利用这16对引物检测了部分山茶属植物资源的遗传相似性，验证了这些引物的可用性。本发明为山茶属植物SSR引物开发提供了新思路。

主权利要求 1.一种基于转录组序列开发的山茶属植物标记引物对，其特征在于所述引物对共38对，分别为：如SEQ ID NO.1-2所示、如SEQ ID NO.3-4所示、如SEQ ID NO.5-6所示、如SEQID NO.7-8所示、如SEQ ID NO.9-10所示、如SEQ ID NO.11-12所示、如SEQ ID NO.13-14所示、如SEQ ID NO.15-16所示、如SEQ ID NO.17-18所示、如SEQ ID NO.19-20所示、如SEQ IDNO.21-22所示、如SEQ ID NO.23-24所示、如SEQ ID NO.25-26所示、如SEQ ID NO.27-28所示、如SEQ ID NO.29-30所示、如SEQ ID NO.31-32所示、如SEQ ID NO.33-34所示、如SEQ IDNO.35-36所示、如SEQ ID NO.37-38所示、如SEQ ID NO.39-40所示、如SEQ ID NO.41-42所示、如SEQ ID NO.43-44所示、如SEQ ID NO.45-46所示、如SEQ ID NO.47-48所示、如SEQ IDNO.49-50所示、如SEQ ID NO.51-52所示、如SEQ ID NO.53-54所示、如SEQ ID NO.55-56所示、如SEQ ID NO.57-58所示、如SEQ ID NO.59-60所示、如SEQ ID NO.61-62所示、如SEQ IDNO.63-64所示、如SEQ ID NO.65-66所示、如SEQ ID NO.67-68所示、如SEQ ID NO.69-70所示、如SEQ ID NO.71-72所示、如SEQ ID NO.73-74所示、如SEQ ID NO.75-76所示。

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