一种毛竹变型SNP引物开发的方法

申请号 CN202010876748.3

专利名称 一种毛竹变型SNP引物开发的方法

专利类型 发明 

年份 2022 

公开号 CN114121152A

公开日 2022.03.01

主分类号 G16B20/20

分类号 G16B40/00  G16B20/20 

申请日 2020.08.27

申请人 国际竹藤中心 

国家省市 北京 

联系地址 100102 北京市朝阳区望京阜通东大街8号

发明人 牟少华  李雪平  李娟  高健 

代理人 张立改

代理机构 北京思海天达知识产权代理有限公司 11203

优先权 CN202010876748(A) 20200827

内容摘要 一种毛竹变型SNP引物开发的方法，属于分子生物学领域。具体包括以下步骤：a.DNA提取与基因组测序；b.与参考基因组进行比对统计；d.SNP注释；e.SNP筛选；f.SNP引物开发。通过本发明的方法可以开发出毛竹变型SNP引物。

主权利要求 1.一种毛竹变型SNP引物开发的方法，其特征在于，包括以下步骤：a.DNA提取与基因组测序b.与参考基因组进行比对统计将步骤a重测序得到的测序reads重新定位到毛竹参考基因组上，进行后续的变异分析；c.SNP检测使用GATK软件工具包对样品的SNP进行检测，根据参考基因组上Clean Reads的定位结果，使用Picard软件去重复、GATK软件进行局部重比对和碱基质量值的校正等预处理，然后进行SNP和InDel的变异检测；对SNP进行严格的过滤，包括:SNP cluster过滤，Indel附近5bp内的S NP过滤掉；d.SNP注释通过SnpEff软件进行SNP、InDel和SV的注释，根据检测获得的变异位点比对到参考基因组的位置基因、CDS位置等，获得变异位点在基因组的发生区域，以及产生的同义非同义突变；e.SNP筛选根据SNP标记质量高、代表性强、标记的材料区分度高、在基因组上的特异性好等特点，对于检测出的SNP，主要按照以下条件进行筛选：(1).按照深度，保留大于等位5X的SNP位点；(2).丢弃质量值(phred quality)小于30的SNP位点；(3).丢弃基因座上完整位点小于80％的SNP；(4).丢弃第二等位基因比例(Minor Allele Frequency，MAF)小于20％的SNP；(5).保留二等位位点；(6).保留长度大于10kb的Scaffold上的位点；(7).针对有参项目，利用HaploviewMEGA X进行tagSNP筛选；f.SNP引物开发对于检测出的SNP，再主要按照以下条件进行筛选：保留大于等位5X深度、二等位和长度大于10kb的Scaffold上的位点，丢弃质量值小于30、基因座上完整位点小于80％和第二等位基因比例小于20％的SNP位点，利用HaploviewMEGA X软件进行tagSNP筛选。并将参考基因组和样品在该位点的信息展示在序列相应位置，然后根据序列设计引物。

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