一种利用宏基因组分析溯源土壤耐药基因污染的方法

申请号 CN202210310443.5

专利名称 一种利用宏基因组分析溯源土壤耐药基因污染的方法

专利类型 发明 

年份 2022 

公开号 CN114822697A

公开日 2022.07.29

主分类号 G16B30/10

分类号 G16B30/20  G16B30/10  G16B50/10 

申请日 2022.03.28

申请人 南京农业大学 

国家省市 江苏 

联系地址 210095 江苏省南京市玄武区卫岗1号

发明人 韦中  江高飞  张耀中  徐阳春  沈其荣 

代理人 许轲;徐冬涛

代理机构 南京天华专利代理有限责任公司 32218

优先权 CN202210310443(A) 20220328

内容摘要 本发明公开了一种利用宏基因组分析溯源土壤耐药基因污染的方法，其步骤为：步骤一、构建非冗余耐药基因集溯源数据库；步骤二、封装非冗余耐药基因集溯源数据库；步骤三、土壤样品DNA抽提和建库；步骤四、采用Illumina测序技术完成土壤样品的宏基因组测序；步骤五、对测序数据进行质控并去除人类基因组污染，获取质控数据；步骤六、对质控数据进行耐药基因定量分析；步骤七、不同样品的耐药基因丰度总体比较分析并可视化。本发明不仅可以用于宏基因组质控数据的ARGs物种溯源定量分析，还可以使用该数据库进行ARGs注释；对微生物基因组序列进行ARGs注释时甚至可以评估其所携带的ARGs宿主来源，为抗性基因水平基因组转移等相关研究提供了技术支撑。

主权利要求 1.一种利用宏基因组分析溯源土壤耐药基因污染的方法，其特征在于包括以下步骤：步骤一、构建非冗余耐药基因集溯源数据库；步骤二、封装非冗余耐药基因集溯源数据库；步骤三、土壤样品DNA抽提和建库；步骤四、采用Illumina测序技术完成土壤样品的宏基因组测序；步骤五、对测序数据进行质控并去除人类基因组污染，获取质控数据；步骤六、对质控数据进行耐药基因定量分析，鉴定候选的耐药基因并获取基因的ppm、16s rRNA以及细胞数量进行均一化后的丰度矩阵；步骤七、不同样品的耐药基因丰度总体比较分析并可视化。

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