一种利用宏基因组分析土壤生物复合污染的方法

申请号 CN202210596596.0

专利名称 一种利用宏基因组分析土壤生物复合污染的方法

专利类型 发明 

年份 2022 

公开号 CN114783519A

公开日 2022.07.22

主分类号 G16B30/10

分类号 G16B50/10  G16B30/20  G16B30/10 

申请日 2022.05.30

申请人 南京农业大学 

国家省市 江苏 

联系地址 210098 江苏省南京市玄武区卫岗1号

发明人 江高飞  韦中  张耀中  徐阳春  沈其荣 

代理人 许轲;徐冬涛

代理机构 南京天华专利代理有限责任公司 32218

优先权 CN202210596596(A) 20220530

内容摘要 本发明公开了一种利用宏基因组分析土壤生物复合污染的方法，其主要包括：(1)构建基因集与蛋白质集；(2)蛋白质集比对SARG数据库后抽取比对上的序列构建ARGs物种溯源库用于耐药基因溯源分析；(3)基因集构建个性化物种数据库，用于宏基因组微生物丰度计算；(4)收集致病菌物种信息构建致病菌物种数据库，获取样本中致病菌丰度(5)计算生物复合污染指数。本发明本发明实现了耐药基因溯源，可以轻松追踪致病菌携带的耐药基因的情况，同时还重新整合了公共数据库中的致病菌物种并构建致病菌数据库用于分析结果中致病菌信息提取，提出新型的土壤生物复合污染计算方法，为复合污染量化计算提供参考依据。

主权利要求 1.一种利用宏基因组分析土壤生物复合污染的方法，其特征在于包括以下步骤：步骤一、构建基因集与蛋白质集；步骤二、蛋白质集比对SARG数据库后抽取比对上的序列构建ARGs物种溯源库用于耐药基因溯源分析；步骤三、基因集构建个性化物种数据库，用于宏基因组微生物丰度计算；步骤四、收集致病菌物种信息构建致病菌物种数据库，获取样本中致病菌丰度；步骤五、基于致病菌丰度与ARGs丰度计算生物复合污染指数SBI；步骤六、完成上述ARGs溯源数据库、个性化物种数据库以及生物复合污染指数计算分析流程的封装与搭建；步骤七、环境样品采集后，对其进行DNA提取建库，采用Illumina测序技术完成环境样品的宏基因组测序，对测序数据进行质控并去除人类基因组污染获取质控数据作为流程输入源；步骤八、将质控数据输入步骤六中封装与搭建的生物复合污染分析流程，获得致病菌丰度与ARGs物种溯源丰度结果，并计算获得生物复合污染指数统计表。

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