一种马尾松高产脂功能SNP标记的筛选方法及其应用

申请号 CN202210079030.0

专利名称 一种马尾松高产脂功能SNP标记的筛选方法及其应用

专利类型 发明 

年份 2022 

公开号 CN114255822A

公开日 2022.03.29

主分类号 G16B20/20

分类号 C12N15/11  C12Q1/6895  G16B20/30  G16B30/10  G16B20/20 

申请日 2022.01.24

申请人 广东省林业科学研究院 

国家省市 广东 

联系地址 510520 广东省广州市天河区广汕一路233号

发明人 白青松  何波祥  汪迎利  连辉明  陈杰连 

代理人 刘瑜

代理机构 广州市华学知识产权代理有限公司 44245

内容摘要 本发明中公开了一种马尾松高产脂功能SNP标记的筛选方法及其应用。该方法包括如下步骤：采集无性系马尾松的松脂并分别测定其产脂力大小，再从产脂力高、中、低的无性系马尾松样本中收集组织材料，提取RNA后进行PacBio全长转录组测序，同时开展二代转录组、代谢组、蛋白组测序并进行差异表达分析筛选候选基因，以此开发SNP功能标记。本发明方法只需针对少数样品进行转录组等多组学测序，具有较高的SNP位点开发效率，开发成本较低，研发的SNP标记有助于实现马尾松产脂力性状早期选择，可用在分子辅助选择育种领域。

主权利要求 1.一种马尾松高产脂功能SNP标记的筛选方法，其特征在于，包括如下步骤：(1)依据表型选择材料采集m个无性系马尾松的松脂，每个无性系马尾松选择n个植株，然后根据产脂力计算公式分别计算其产脂力，并计算每个植株产脂力的平均值；接着分别以每个无性系马尾松的产脂力最大的植株作为高产脂力植株，以产脂力最小的植株作为低产脂力植株，以产脂力等于或接近产脂力平均值的植株作为中产脂力植株；再分别采集每个无性系马尾松的高、中、低产脂力植株的次生木质部组织材料；其中，m≥3，n≥3；产脂力RYC的计算公式如下： 式中：Wt表示松脂总重量；D表示每棵树切割树脂的次数；Wd表示割面宽度；C表示树皮被切割处的树干周长；(2)基于多组学数据联合分析筛选候选基因对步骤(1)中采集的每个无性系马尾松的高、中、低产脂力植株的组织材料分别进行转录组和代谢组测序，同时将所有组织材料混合后进行PacBio全长转录组测序；然后利用多组学数据进行差异表达分析，并根据转录组与代谢组联合分析初步筛选得到候选基因；(3)qRT-PCR验证基因表达量分别提取每个无性系马尾松的高、中、低产脂力植株的组织材料的RNA，并将其反转录为cDNA，然后采用qRT-PCR方法验证步骤(2)中筛选得到的候选基因的表达量，选择差异表达的基因用于SNP位点开发；(4)开发SNP位点分别提取每个无性系马尾松的高、中、低产脂力植株的组织材料的DNA，然后进行PCR全长扩增，再直接进行高、中、低产脂力植株的序列相互比较开发SNP分子标记，筛选得到SNP位点；(5)开发产脂力性状功能SNP位点根据步骤(4)中筛选得到的SNP位点，对每个无性系马尾松的高、中、低产脂力植株的基因型进行关联分析，得到与产脂力性状显著相关的SNP标记，进而筛选得到马尾松高产脂功能SNP标记。

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