刺槐纤维素合酶基因(RpCesA2)克隆、表达及SNP分析

编号 zgly0001566169

文献类型 期刊论文

文献题名 刺槐纤维素合酶基因(RpCesA2)克隆、表达及SNP分析

作者 张凯权  马履一  段劼  汪力  杨欣超 

作者单位 北京林业大学省部共建森林培育与保护教育部重点实验室  北京林业大学国家能源非粮生物质原料研发中心 

母体文献 分子植物育种 

年卷期 2017年02期

年份 2017 

分类号 S792.27  Q943.2 

关键词 刺槐  纤维素合成酶  纤维素  单核苷酸多态性 

文摘内容 利用同源克隆及RACE结合方法,首次从刺槐(Robinia pseudoacacia)茎部cDNA中获得纤维素合酶基因RpCesA2并获取基因组DNA序列。通过生物信息学分析,发现该基因内部含有3 291 bp完整编码区,编码1 097个氨基酸残基的蛋白;包含纤维素合成酶蛋白典型结构域:如1个锌指结构(zinc finger)及8个跨膜区(Transmembrane domain),与拟南芥纤维素合成酶基因CesA1至CesA10蛋白序列相似性达56.27%(At CesA8)~79.67%(AtCesA2)。通过构建系统进化树,发现RpCesA2基因与CesA5、CesA6、CesA9基因亲缘关系较近。组织特异性Realtime-PCR结果表明,RpCesA2基因在刺槐根、茎、叶片、叶柄4个组织部位具有不同的表达模式:第一时期、第三时期均在叶片中表达量最高,第二个时期茎中表达量最高。在此基础上,对10个刺槐无性系单株RpCesA2序列进行测序比对分析,检测到50个单核苷酸多态性(SNP)位点,其出现频率为1/130。CDS区域共有22个SNPs,其中15个是同义突变,7个为错义突变,非同义突变与同义突变比率为0.47。该研究结果为RpCesA2基因进一步连锁不平衡作图与关联研究提供理论依据,并最终有助于刺槐纤维素合成途径研究、标记辅助分子育种。