毛果杨NLP基因家族生物信息学分析与鉴定

编号 zgly0001479233

文献类型 期刊论文

文献题名 毛果杨NLP基因家族生物信息学分析与鉴定

作者 吴翔宇  许志茹  曲春浦  李蔚  孙琦  刘关君 

作者单位 东北林业大学林木遗传育种国家重点实验室  东北林业大学生命科学学院 

母体文献 植物研究 

年卷期 2014年01期

年份 2014 

分类号 S792.11 

关键词 毛果杨  NLP  基因家族  表达模式 

文摘内容 NLP基因家族是一类特殊的转录因子,豆科植物根瘤的形成依赖于该基因家族的存在,在非豆科植物中具有调节植物硝酸盐吸收以及同化的功能。通过对毛果杨(Populus trichocarpa)基因组的生物信息学分析,共鉴定出14个毛果杨NLP基因家族成员,这些成员具有低亲水性的特点,基因结构保守,都含有RWP-RK以及PB1两个保守结构域。通过细胞定位预测,所有成员都定位在细胞核中。直系同源与旁系同源进化分析显示,NLP基因家族成员在漫长的进化过程中经历了严格的选择。染色体定位分析表明,毛果杨NLP基因家族成员坐落在毛果杨9条染色体之上,成员数量的扩增来自于杨柳科染色体自身的扩增事件。芯片数据分析结果显示,NLP基因家族成员在嫩叶,根和雄花中表达,部分基因在木质部以及种子萌发过程之中表达,但所有成员均不在成熟叶片中表达。