黏质沙雷氏菌3种几丁质酶基因的克隆及功能预测

编号 zgly0000744938

文献类型 期刊论文

文献题名 黏质沙雷氏菌3种几丁质酶基因的克隆及功能预测

学科分类 220.3020;森林昆虫学

作者 钟万芳  郭慧芳  丁少军  方继朝 

作者单位 江苏省农业科学院植物保护研究所  南京林业大学 

母体文献 江苏农业学报 

年卷期 2011,27(5)

页码 1000-1006

年份 2011 

分类号 Q78 

关键词 黏质沙雷氏菌  几丁质酶  结构域  基因克隆  生物信息学 

文摘内容 黏质沙雷氏菌(Serratia marcescens)可产生多种几丁质酶,为比较黏质沙雷氏菌Txch-1中几丁质酶系在结构上的差别,利用3对特异性引物从Txch-1中扩增获得了3种几丁质酶SeChiA、SeChiC、SeChi40基因,并进行生物信息学分析与比较。结果表明: SeChiA基因全长2 196 bp,含有1个1 692 bp的开放阅读框,编码563个氨基酸。SeChiA与Sanguibacter sp.C4几丁质酶(ABB91448)及多种沙雷氏菌属的几丁质酶A高度同源(≥94.8%),与多种昆虫几丁质酶也表现出较高的同源性(≥68.74%);结构域分析发现SeChiA含有分泌信号肽、N端结构域和催化域。SeChiC基因全长1 623 bp,含有1个1 443 bp的开放阅读框,编码480个氨基酸;SeChiC与S.marcescens不同菌株产生的几丁质酶C都表现出较高的同源性(≥95%);结构域分析发现SeChiC含有催化域、黏蛋白Ⅲ同源区及几丁质结合域。SeChi40基因全长1 501 bp,含有1个1 083 bp的开放阅读框,编码360个氨基酸;结构域分析发现它只含有催化域,而不含分泌信号肽和几丁质结合域。氨基酸序列比对发现SeChi40与其他几丁质酶的同源性较低(≤37.78%),可能是个新基因。