火力楠转录组测序与组织差异表达基因分析

编号 zgly0001566092

文献类型 期刊论文

文献题名 火力楠转录组测序与组织差异表达基因分析

作者 李清莹  仲崇禄  姜清彬  张勇  陈羽  魏永成  陈珍 

作者单位 中国林业科学研究院热带林业研究所热带林业研究国家林业局重点实验室 

母体文献 分子植物育种 

年卷期 2017年11期

年份 2017 

分类号 Q943.2  S792.99 

关键词 火力楠  转录组  Illumina高通量测序  基因注释  差异表达基因 

文摘内容 火力楠具有重要经济价值与生态功能,但缺乏其基因组信息,限制了其分子生物学、基因功能与分子育种的相关研究。以火力楠根、茎和叶为材料,利用Illumina高通量测序技术进行转录组测序,并对得到的测序数据进行de novo组装,获得97 503条Unigenes,N50为1 010 bp、平均长度852 bp。与公共数据库进行比对,注释到NR、Swiss-Prot数据库的Unigenes分别为60 926、44 249条。将Unigenes与COG数据库比对,有42 344条Unigenes成功注释,根据功能大致分成25类;与GO数据库比对,有15 947条Unigenes获得注释,按功能可分为生物学过程、细胞组分和分子功能3大类55亚类,其中参与的生物学过程较多;以KEGG数据库参考,有26 267条Unigenes参与330条代谢途径分支,以代谢相关的途径较为集中;差异基因表达分析我们得出,根与茎的差异表达基因为2 826个,根与叶之间的差异表达基因为3 230个,这两组差异基因相对校多,除此之外茎与叶差异基因相对较少;差异基因的GO分类、GO富集以及pathway富集分析表明,主要在细胞组分、蛋白质活性、生物合成以及代谢过程等所占比例较高。这些研究结果极大地扩充了火力楠的基因资源,将有助于火力楠基因的发掘与利用、分子标记的开发及其种质资源遗传改良的研究等。