黄藤Dof家族的全基因组鉴定及系统进化分析

编号 zgly0001740154

文献类型 期刊论文

文献题名 黄藤Dof家族的全基因组鉴定及系统进化分析

作者 张丹丹  杨瑶君  江纳  付春 

作者单位 乐山师范学院竹类病虫防控与资源开发四川省重点实验室  乐山师范学院生命科学学院  乐山师范学院数学与信息科学学院 

母体文献 西南林业大学学报:自然科学 

年卷期 2021,41(6)

页码 126-138

年份 2021 

分类号 Q943.2 

关键词 黄藤  Dof基因  全基因组鉴定  系统进化  生物信息学 

文摘内容 为了揭示黄藤全基因组中Dof基因家族的生物学功能,利用生物信息学手段,对黄藤Dof基因家族进行了全基因组鉴定,并系统分析了黄藤与其他9个物种Dof基因家族分子进化关系。结果表明:黄藤基因组中含有25个Dof基因,亚细胞定位预测发现它们均位于细胞核,跨膜结构预测到黄藤所有的Dof蛋白成员均不具有跨膜结构;黄藤的Dof蛋白家族均为不稳定亲水蛋白,其二级结构由α-螺旋、无规则卷曲为主导,其三级结构主要由α-螺旋和β-转角进行复杂的空间构象变化组成;黄藤Dof蛋白成员的氨基酸个数为184到586 AA,pI范围为4.71~9.57;根据系统进化分析,黄藤Dof基因家族分为ClassⅠ-ClassⅣ共4个亚组,其中ClassⅡ成员最多(8个),约占总数的32%;其次是ClassⅣ(7个)、ClassⅠ(5个)和ClassⅢ(5个);从组别上来看,ClassⅡ成员分化速度是最快的,与原始祖先的亲缘关系最远。从组中来看,ClassⅡ中成员DjDof9和DjDof10分化最快,与原始祖先的亲缘关系最远,DjDof12和DjDof24分化较慢,与原始祖先的亲缘关系相对较近;黄藤与拟南芥的进化关系表明两者亲缘关系不是很近;黄藤与其他9个物种的Dof基因的系统进化分析表明黄藤与甘蓝型油菜和小麦有较近的亲缘关系,序列同源性也较高,与可可亲缘关系最远。