霍山石斛转录因子MYB1R1密码子选用偏好性分析

编号 zgly0001566331

文献类型 期刊论文

文献题名 霍山石斛转录因子MYB1R1密码子选用偏好性分析

作者 谢析颖  李蓉  林玉玲  郭容芳  陈裕坤  赖钟雄  徐涵 

作者单位 福建农林大学园艺植物生物工程研究所  法国图卢兹综合科学研究所(IRIT-ARI) 

母体文献 分子植物育种 

年卷期 2017年05期

年份 2017 

分类号 Q943.2 

关键词 霍山石斛  密码子选用偏好性  MYB转录因子  聚类分析 

文摘内容 通过密码子选用偏好性分析确定霍山石斛转录因子MYB1R1(Dh MYB1R1)最优密码子,为基因表达寻找最适异源受体,从而为基因功能研究提供更理想的验证系统。本研究采用Codon W、SPSS软件及EMBOSS在线程序分析其密码子选用偏好性参数,并进行了物种间基因组的比较。结果显示,物种间MYB1R1密码子选用偏好性存在一定差异;Dh MYB1R1密码子偏好以A或U结尾,虽然该选用偏好性较弱,但显示其更偏向双子叶植物类群;基于MYB1R1编码序列聚类分析得到的进化树比密码子选用偏好性聚类更接近APGIII的分类结果。密码子使用频率比较结果显示:相比属于真核的酵母菌,属于原核生物的大肠杆菌更适宜作为Dh MYB1R1基因表达的异源受体,同时烟草比拟南芥及其他单子叶植物更适合作为Dh MYB1R1转基因研究的异源受体。本研究结果不仅对霍山石斛基因表达最适异源受体提供了理论依据,同时也对霍山石斛与双子叶植物在进化中较晚分离提供了证据。