用多项式分布模型评估低质量DNA模板微卫星分型的可靠性

编号 zgly0000748248

文献类型 期刊论文

文献题名 用多项式分布模型评估低质量DNA模板微卫星分型的可靠性

学科分类 220.35;野生动物保护与管理

作者 何刚  黄康  郭松涛  纪维红  齐晓光  任轶  金学林  李保国 

作者单位 西北大学西部生物资源与生物技术教育部重点实验室  Ecology  ＆  Conservation  Group 

母体文献 科学通报 

年卷期 2011,56(22)

页码 1763-1770

年份 2011 

分类号 Q78 

关键词 川金丝猴  非损伤性采样  微卫星  分型错误  多项式分布模型 

文摘内容 在使用痕量样品(如博物馆样品、古代样品、法医样品以及非损伤性样品)的分子遗传学研究中, 由于DNA质量很低, 容易导致扩增错误的产生, 包括等位基因丢失和假等位基因.本文建立了1个区别对待纯合子和杂合子的多项式分布数学模型, 使用2个参数衡量样品的质量, 在此基础上计算多管分型法的分型结果正确率.为了检验此模型, 本研究从26只秦岭地区川金丝猴(Rhinopithecusroxellana)个体采集非损伤性毛发样品, 使用5个四核苷酸重复的微卫星位点进行扩增.根据此模型, 实验获得3次阳性PCR结果时, 分型结果正确率能够到达99%.对于样品质量很低、需要过多重复实验的样品, 本文还推荐了1种替代的分步分型方法, 能够进一步减少重复次数.本模型有助于优化实验条件, 得到可靠的分型结果.