基于ddGBS的桉树SNP挖掘和系统进化分析

编号 zgly0001717807

文献类型 期刊论文

文献题名 基于ddGBS的桉树SNP挖掘和系统进化分析

作者 贾翠蓉  朱显亮  王莉  周长品  翁启杰  甘四明  李发根 

作者单位 中国林业科学研究院热带林业研究所  中国林业科学研究院热带林业研究国家林业和草原局重点实验室  南京林业大学林学院 

母体文献 中南林业科技大学学报 

年卷期 2020年10期

年份 2020 

分类号 S792.39 

关键词 桉树  ddGBS  SNP  进化分析 

文摘内容 【目的】利用ddGBS技术获得桉树树种间高质量SNP标记,为桉树系统分类提供新思路。【方法】通过对14个桉树树种(每个树种各两份样品)进行ddGBS建库测序分析,发掘SNP位点,开展位点注释及核苷酸多样性分析,并且通过IQ-TREE软件采用最大似然法(ML)构建系统进化树。【结果】测序共获得30.49 Gb的数据,平均每个样品的数据量为1.09 Gb;平均Q30为98%,表明测序质量好;平均GC含量(44.0%)与巨桉参考基因组接近;样品与巨桉参考基因组比对匹配率在45.0%～88.9%之间,平均为77.8%。按照数据无缺失、平均测序深度≥4 x、最小杂合比为0.05的条件筛选SNP,最终获得42 222个高质量SNP位点,其中14个桉树树种的特有SNP位点数为428～2 107不等。利用SnpEff软件进行位点注释分析后发现约有12 237个SNPs位于外显子区域。基于最终获得的42 222个高质量SNP位点构建系统进化树,14个桉树树种聚类结果与Hill和Johnson的桉属双蒴盖亚属及伞房属的分类结果一致。【结论】采用ddGBS技术高效发掘高质量SNP位点,可广泛应用于桉树SNP开发。利用开发的高质量SNP位点构建的系统进化树为桉树的进化研究提供了理论支持。通过ddGBS技术进行SNP标记开发及分型将对桉树关联遗传学研究和重要性状QTL定位具有重要意义。