茶树抗寒调控转录因子ICE1密码子偏性分析

编号 zgly0001420171

文献类型 期刊论文

文献题名 茶树抗寒调控转录因子ICE1密码子偏性分析

作者 时慧  王玉  杨路成  丁兆堂 

作者单位 青岛农业大学茶叶研究所 

母体文献 园艺学报 

年卷期 2012年07期

年份 2012 

分类号 S571.1 

关键词 茶树  ICE1  密码子用法  密码子偏性  聚类分析  抗寒 

文摘内容 运用CHIPS、CUSP和CodonW软件程序分析自主克隆的茶树(Camellia sinensis)ICE1(GenBank登录号JX029153)的密码子的偏性,并与茶树基因组及萝卜等7种植物的ICE1密码子偏性进行比较。结果表明,茶树ICE1偏好于以A/T结尾的密码子;与茶树基因组密码子偏性相比,发现只有6种氨基酸密码子偏性完全一致。进一步研究发现ICE1的碱基组成在单子叶植株大麦与7种双子叶植物分化后发生了较大的变化。在聚类分析中,基于基因CDS序列的聚类不能正确反映物种间的进化关系,而基于密码子偏性参数相对密码子使用度(RSCU)的聚类更适合作为系统发育分析的参考。与3种外源受体密码子使用频率比较发现,与大肠杆菌基因组密码子使用频率差值较大的有25个,与酵母基因组差值较大的有15个,与拟南芥基因组差值较大的有10个,这预示着ICE1在拟南芥中的表达效率最高,若要在其他外源受体中进行高效表达,尚需对其密码子进行优化。