基于SVM的甲壳动物线粒体基因分析方法

编号 zgly0000934841

文献类型 期刊论文

文献题名 基于SVM的甲壳动物线粒体基因分析方法

学科分类 220.1520;林木遗传学

作者 徐启华  耿帅  肖晓  申欣 

作者单位 淮海工学院电子工程学院  中国矿业大学信息与电气工程学院  淮海工学院海洋学院 

母体文献 海洋科学 

年卷期 2015(5)

页码 54-61

年份 2015 

关键词 甲壳动物  线粒体  基因分析  支持向量机  交叉验证  粒子群算法 

文摘内容 甲壳动物线粒体基因组蕴涵了物种进化历程中重要的遗传信息,如何有效地利用这些保留在基因组中的基因序列和基因顺序信息,是甲壳动物线粒体基因组研究的一个重点方向。为了进一步探讨甲壳动物稳定、可靠的系统发育关系,本文利用支持向量机的分类功能实现了甲壳动物线粒体基因组基因区与基因间区、编码区与非编码区的准确分类和预测,同时为了提高分类学习机的泛化能力,使用了交叉验证方法和粒子群算法优化选取支持向量机相关训练参数。通过MATLAB仿真分析的方法,对10种甲壳动物线粒体基因组序列的基因区和基因间区进行分类,以及对5种甲壳动物进行线粒体基因组序列中编码区和非编码区的分类,获得了较好的分类准确率。