日本落叶松杂种及亲本4CL基因的克隆和SNP多态性分析

编号 zgly0000817691

文献类型 期刊论文

文献题名 日本落叶松杂种及亲本4CL基因的克隆和SNP多态性分析

学科分类 220.1520;林木遗传学

作者 周亚榷  李爱  陈成彬  王春国  宋文芹 

作者单位 南开大学生命科学学院 

母体文献 林业科学研究 

年卷期 2013(F10)

页码 18-24

年份 2013 

分类号 S791.223 

关键词 日本落叶松  4CL基因  SNP  差异表达 

文摘内容 以日本落叶松(如哦kaempferi)不同杂交组合为材料, 依据转录组测序信息, 成功获得了11种日本落叶松材料的4CL基因的编码区序列, 该序列长1537bp, 包含完整ORF片段1368bp, 编码455个氨基酸。qRT.PCR结果分析表明, 除Et本落叶松Larixl6×Larix61组合外, Larix82×Lar/x13、Larix40×LarixlO和Larix82×Larix61子代的表达均高于双亲, 推测4CL基因差异表达与落叶松杂种的木质素生物合成有关。进一步采用SNP标记方法和DNAMAN软件对不同日本落叶松杂种和亲本组合的单核苷酸多态性进行分析。共检测到66个SNP多态性位点, 表明日本落叶松4CL具有丰富的遗传多样性。66个SNP变异中, 属于三突变1个; 转换类型45个, 占总变异的68.18%; 20个属于颠换类型, 占总变异的30.30%, 转换: 颠换=9: 4。在转换类型中, A/G和C/T转换分别占28.79%和39.39%: 颠换类型中A/C、A/T、G/C、G/T分别占4.55%、9.09%、9.09%和7.58%。采用NJ聚类法对克隆片段的氨基酸序列进行了遗传多样性分析。