基于高通量测序分析青藏高原特有植物蓝玉簪龙胆(Gentiana veitchiorum)的SSR和SNP特征

编号 zgly0001530586

文献类型 期刊论文

文献题名 基于高通量测序分析青藏高原特有植物蓝玉簪龙胆(Gentiana veitchiorum)的SSR和SNP特征

作者 田尊哲  高庆波  陈世龙  张发起 

作者单位 中国科学院高原生物适应与进化重点实验室  中国科学院西北高原生物研究所  中国科学院大学 

母体文献 植物研究 

年卷期 2016年05期

年份 2016 

分类号 Q943.2 

关键词 蓝玉簪龙胆  高通量测序  微卫星  单核苷酸多态性  青藏高原 

文摘内容 利用Illumina HiSeq TM2500平台对青海省库泽县的蓝玉簪龙胆（Gentiana veitchiorum）进行高通量测序,共得到SSR序列8 588条,对其SSR重复类型进行分析;三核苷酸重复类型所占的比例最大占54.7%（4696）;其次是二核苷酸重复类型占41.3%（3543）;四核苷酸重复类型,五核苷酸重复类型和六核苷酸重复类型所占的比例较少（共占4%）。在二核苷酸重复类型中AT/TA重复类型所占的比例最大分别为9.85%和9.5%。在微卫星中重复单元的长度大小和重复次数成负相关,并且微卫星的总长度与重复单元的长度成正相关。在蓝玉簪龙胆的花（GP-F）和叶（GP-L）中分别得到253 789和249 417个SNP位点,其中在非编码区上的比例为51.29%和51.96%。分析发现蓝玉簪龙胆SNP位点在编码区中同义转换所占的比例（48.63%和47.96%）要远远高于非同义转换的比例（0.08%和0.08%）,可能与功能基因序列相对稳定有关。