基于马尾松转录组测序的产脂相关SNPs初步分析

编号 zgly0001711281

文献类型 期刊论文

文献题名 基于马尾松转录组测序的产脂相关SNPs初步分析

作者 吴志铭  冯源恒  杨章旗 

作者单位 广西师范大学生命科学学院  广西壮族自治区林业科学研究院广西马尾松工程技术研究中心广西优良用材林资源培育重点实验室 

母体文献 广西林业科学 

年卷期 2020年02期

年份 2020 

分类号 S791.248 

关键词 SNPs  转录组测序  马尾松  基因 

文摘内容 为明确与产脂紧密相关的SNP分子标记在马尾松(Pinus massoniana)育种中的适用性,加快产脂性状遗传改良,基于马尾松高产脂无性系与普通产脂无性系3个组织(顶芽、针叶和韧皮部)的转录对数据进行基因表达分析,并开发ESTSNP标记,为产脂性状的分子标记辅助选择提供适合标记。通过对2 329个差异表达序列进行筛选,在374条Unigene中检索到2 192个SNP位点。韧皮部独有、针叶与韧皮部共有及3个组织共有的Unigene 125条。转换和颠换分别占61.59%和38.41%。通过GO分类,参与生物过程、细胞成分和分子功能的Unigene分别为93、49和92条;在KEGG注释中,新陈代谢通路的Unigene最多,有21条。数据显示GO分类和KEGG通路的注释结果一致,相关基因主要参与代谢过程。进一步开发SNP标记,可为马尾松产脂性状候选基因关联分析提供理想工具。