日本落叶松咖啡酸-O-甲基转移酶基因LkCOMT的克隆及单核苷酸多态性分析

编号 zgly0000817696

文献类型 期刊论文

文献题名 日本落叶松咖啡酸-O-甲基转移酶基因LkCOMT的克隆及单核苷酸多态性分析

学科分类 220.1520;林木遗传学

作者 易敏  张守攻  谢允慧  孙晓梅 

作者单位 林木遗传育种国家重点实验室 

母体文献 林业科学研究 

年卷期 2013(F10)

页码 52-59

年份 2013 

分类号 S791.223 

关键词 日本落叶松  咖啡酸-O-甲基转移酶基因  基因克隆  单核苷酸多态性 

文摘内容 依据日本落叶松转录组数据库检测到的咖啡酸-O-甲基转移酶(COMT)基因ESTs序列设计引物, 分离得到一个编码该酶的新基因。其cDNA克隆全长为1350bp, 包含长度为1092bp的开放阅读框, 可编码364个氨基酸残基。序列分析显示, 所推导的蛋白质氨基酸序列包含COMT基因5个所特有的保守元件, 与海岸松PpCOMT的蛋白质氨基酸序列同源性达94%。在此基础上, 利用DnaSP5.0软件对日本落叶松加株基因型个体的LkCOMT序列进行了单核苷酸多样性SNPs分析, 共检测到92个SNP位点, SNP发生频率为1/17bp, 多样性指数1T, 为0.00780。在这些SNPs中, 65个属于转换, 27个属于颠换。在外显子区域, 共检测到58个SNP位点, 其中37个为错义突变, 21个为同义突变。研究结果为Et本落叶松基因标记辅助育种提供了理论基础。