系统发育分析中的最大简约法及其优化

编号 zgly0001447567

文献类型 期刊论文

文献题名 系统发育分析中的最大简约法及其优化

作者 郑巍  罗阿蓉  史卫峰  郑为民  朱朝东 

作者单位 中国科学院深圳先进技术研究院  中国科学院动物研究所 动物进化与系统学(院)重点实验室  中国科学院大学  泰山医学院基础医学院  中国科学院信息工程研究所 

母体文献 昆虫学报 

年卷期 2013年10期

年份 2013 

分类号 Q961 

关键词 系统发育  系统发育重建  算法  最大简约法  计算流程  计算效率  优化 

文摘内容 随着生物技术的不断发展和系统发育学的深入研究,在重构系统发育树时,研究人员往往要面对更多的挑战和困难,比如:(1)需要分析的样本数(物种数或个体数)不断增加;(2)需要分析的数据量迅速扩大。尤其在基因组测序技术的推动下,基于分子信息的系统发育重建需要极大的计算量,因此数学方法、计算机技术以及其他辅助工具对于系统发育重建的效率和精确度起着至关重要的作用。最大简约法(maximum parsimony)是一种重要的系统发育重建方法,提高其计算效率对系统发育学研究具有重要意义,针对该算法的优化改进需要生物学家和计算机专家的共同努力。本文通过详细地阐述最大简约法的计算流程,分析其参数选择对计算效率的影响,帮助更多的计算机使用者,在并不了解系统发育学基础的情况下,更方便地针对实际的系统发育算法问题给出更好、更快、更精准的解决方案;同时为系统发育研究工作者,较为清晰地解释最大简约法的构树思想和计算逻辑,推动针对最大简约法的不断改进与优化。