三年桐EST-SSR标记的开发与种质遗传多样性分析

编号 zgly0001528744

文献类型 期刊论文

文献题名 三年桐EST-SSR标记的开发与种质遗传多样性分析

作者 贾宝光  林青  谭晓风  李泽  龙洪旭  向晖  张琳 

作者单位 中南林业科技大学/经济林培育与保护省部共建教育部重点实验室/经济林育种与栽培国家林业局重点实验室/经济林培育与利用湖南省2011协同创新中心 

母体文献 植物遗传资源学报 

年卷期 2016年04期

年份 2016 

分类号 S794.3 

关键词 三年桐  EST-SSR标记  多态性信息含量  遗传多样性 

文摘内容 以三年桐品种对年桐发育中的种子为材料,构建c DNA文库,获得3202个原始EST序列,经过去除冗余和低质量序列后,获得1047条非冗余单一序列,利用MISA软件从其中的173个非冗余EST序列中搜索得到212个SSR位点。其中,二核苷酸重复类型为主导(68.39%),其次是三核苷酸重复类型(25.94%),其优势基元为AG/CT(43.87%)、AT/AT(19.34%)和AGC/GCT(5.66%)。针对可设计引物的68个序列进行EST-SSR引物设计,结合PCR扩增和数据分析,鉴定出14对多态性标记,用该14对引物对169份三年桐种质资源进行遗传多样性检测,共得到41个等位基因(Na),平均每对引物扩增出2.93个等位基因,期望杂合度(He)变幅为0.08~0.63,平均值为0.33,多态性信息含量(PIC)变幅为0.08~0.56,平均值为0.3,表明14对EST-SSR标记多态性较高,能较好地反映三年桐种质的遗传多样性。三年桐种质资源按群体进行非加权配对算术平均法(UPGMA)聚类分析,群体间的相似度变幅为0.9604~0.9986,遗传距离变幅为0.0022~0.0404,表明三年桐群体间的遗传多样性相对较低,亲缘关系较近。对169份三年桐种质资源个体进行聚类分析,结果显示不同地理种源的遗传关系缺乏明显的地理结构。