马铃薯甲虫基因组SSR位点分析及引物效率的验证

编号 zgly0001638520

文献类型 期刊论文

文献题名 马铃薯甲虫基因组SSR位点分析及引物效率的验证

作者 刘旸  付开赟  吐尔逊  何江  郭文超 

作者单位 石河子大学农学院  新疆农业科学院植物保护研究所/农业部西北荒漠绿洲作物有害生物综合治理重点实验室  新疆农业科学院微生物应用研究所 

母体文献 环境昆虫学报 

年卷期 2018年03期

年份 2018 

分类号 S435.32 

关键词 马铃薯甲虫  基因组  SSR位点分析  引物效率 

文摘内容 SSR作为一种微卫星分子标记方法,被广泛用于遗传多样性相关的研究,而SSR引物是否高效是影响整个实验结果的重要因素。本研究利用生物信息学手段,对马铃薯甲虫基因组数据进行分析,搜索基因组SSR位点,并设计引物和验证SSR引物的效率。最终在马铃薯甲虫基因组中共检测出SSR位点81 937个,且这些位点中以单核苷酸、二核苷酸、三核苷酸重复为主;从SSR位点的平均分布距离来看,单、三、四核苷酸重复在马铃薯甲虫基因组中平均分布距离较小,分别为2.21 kb、8.39 kb、36.21 kb。马铃薯甲虫基因组SSR位点中,优势基序总数为68 388个,比例高达83.46%,其中,单核苷酸以A/T重复基序占绝对优势,二核苷酸重复的SSR位点中,以AG/CT重复基序为主,三核苷酸重复的位点中,以AAT/ATT重复基序为主;在ClassⅠ长度的SSR位点中,以二核苷酸、三核苷酸重复的数量最多,比例高达82.32%;最后设计19对SSR引物测试效率,其中14对成功扩增条带,11对为多态性引物,其平均多态性条带6.27条。多态性引物的PIC值在0.375-0.794,平均值为0.600,大于平均值的引物为6对,占有效扩增引物的54.5%。研究表明,利用生物信息发掘SSR位点的方法简便高效,这为后续进一步利用SSR引物研究马铃薯甲虫的遗传多样性,及在其它昆虫中开发SSR引物开发奠定研究基础。